Am 04.03./05.03.2021 hatte sich der Seehafen Stralsund dem Überwachungsaudit im Rahmen seiner Zertifizierung nach ISO 9001:2015 und GMP+ B3 zu stellen. Im Ergebnis dieses Audits wurde bestätigt, dass der Seehafen Stralsund für die Bereiche Umschlag- und Lagerung von Stück- und Massengütern sowie für die Erbringung von sonstigen Hafen- und Lagerdienstleistungen ein Qualitätsmanagementsystem entsprechend vorab genannter Norm eingeführt hat und aufrecht erhält. Zugleich wurde bescheinigt, dass das Unternehmen den Anforderungen gemäß GMP+ B3 für die Lagerung und den Umschlag von Futtermitteln gerecht wird.
Wenn auch mit sieben Wochen Verspätung, von Juni bis in den Oktober hinein war "Leben" in der Kreuzfahrt an den Kaikanten im Seehafen Stralsund. Anders als im Bereich der Hochseekreuzfahrt gelang im Segment Flusskreuzfahrttourismus der Start in eine außergewöhnliche, durch Corona geprägte Saison 2020. Am Ende wurden mit 82 Anläufen rund 75 % der ursprünglich geplanten Schiffseingänge erreicht. Bei den Passagieren lag die Zahl mit 8.812 bei etwa der Hälfte der Planungen, was den strengen, aber notwendigen Hygieneregeln an Bord geschuldet war. Neben der speziellen Ausrichtung auf den Flusskreuzfahrtmarkt versteht sich der Seehafen Stralsund stets auch als Exklusivdestination für seegehende Kreuzfahrer. Zwei für 2020 vorgesehene Anläufe mussten jedoch Pandemie bedingt abgesagt werden.