Beginnen sollte die diesjährige Saison bereits Mitte April mit dem Eingang des ersten Schiffes, jedoch wurde der planmäßige Start durch den bis in den Frühsommer hineinreichenden Lockdown ausgebremst. Umso erfreulicher entwickelten sich die Anlaufzahlen von Ende Juni bis Ende August: 42 Anläufe wurden an den Kaianlagen am Sund gezählt. Wettererlaubend wird das Kreuzfahrtjahr 2021 bis in den Dezember andauern. MS "Junker Jörg" plant die letzte Reise am 26./27. Dezember ab Stralsund.
Am 04.03./05.03.2021 hatte sich der Seehafen Stralsund dem Überwachungsaudit im Rahmen seiner Zertifizierung nach ISO 9001:2015 und GMP+ B3 zu stellen. Im Ergebnis dieses Audits wurde bestätigt, dass der Seehafen Stralsund für die Bereiche Umschlag- und Lagerung von Stück- und Massengütern sowie für die Erbringung von sonstigen Hafen- und Lagerdienstleistungen ein Qualitätsmanagementsystem entsprechend vorab genannter Norm eingeführt hat und aufrecht erhält. Zugleich wurde bescheinigt, dass das Unternehmen den Anforderungen gemäß GMP+ B3 für die Lagerung und den Umschlag von Futtermitteln gerecht wird.